Krtola nakon vađenja sadrž dosta vode zbog čega je podloţna oštećenju ili procesu klijanja ukoliko se skladištenje ne obavi pravilno.
Naročitu pažnju treba posvetiti tome da ne dođe do mehaničkog oštećenja prilikom utovara, transporta i istovara  krompira.

Krompir se može čuvati u improvizovanim skladištima, podrumima ili trapovima na mračnom prostoru. Takođe, pre skladištenja treba odstraniti što je moguće više zemlje sa krtola, naročito ako je zemlja još vlažna.
U modernim specijalizovanim skladištima sa ventilacijom i kontrolisanim uslovima čuvanja, krompir može da ostane i do 10
meseci. Međutim, većina proizvođača krompir drži u improvizovanim objektima sa nešto lošijim uslovima, ali za dobro skladištenje potrebno je ispuniti neke od minimalnih uslova poput temperature (4-8°C) i optimalne vlaţnosti vazduha oko 90%. U slučaju korišćenja preparata protiv klijanja krompira, obavezno je obratiti pažnju na vreme karence koja za većinu preparata iznosi oko 42 dana.