Najvažnije štetočine skladišta semena ratarskih kultura su: žitni, kukuruzni i pirinčani žižak, brašnar, mali brašnar, žitni moljac…….
U skladištima su često prisutne grinje i glodari (sivi, crni pacov, domaći miš….). Otkrivanje štetočina skladišta nije lako jer su to uglavnom sitni organizmi. Njihovo prisustvo je vidljivo tek kada se masovno razmnože i već prouzrokuju oštećenja. Zbog toga je neophodno da se povremeno obavi pregled praznog skladišta, vreća,i žita koje je smešteno u skladištu.
Pregled praznih skladišta obavlja se pre unošenja novog semena. U praznim skladištima štetočine se mogu  u pukotinama zidova, patosa, drvenih stubova, između raznih pregrada.

Pregledom treba obuhvatiti i praznu ambalažu prisutnu u skladištima, jer se na njoj mogu zadržati štetočine i preći na nove količine unetog semena. Pri obavljanju pregleda vreća,  prvo se obavlja pregled spoljne površine vreće,zatim dodirne površine nekoliko susednih vreća. Mere koje se primenjuju za suzbijanje štetočina skladišta su: preventivne, hemijske , fizičke.
Preventivne mere su najvažnije za zaštitu semena u skladištima a istovremeno najefikasnije.
U preventivne mere ubrajaju se:projektovanje i izgradnja skladišta, čišćenje i popravka skladišta,kontrola pre unošenja, sušenje semena, kontrole i vlage, kontrola ambalaže.
Hemijske mere podrazumevaju primenu hemijskih sredstava i tu spadaju:
dezinsekcija praznih skladišta, zaprašivanje žita i drugog semenskog materijala, tretiranje površine žita ili ambalaže insekticidima. Fizičke mere podrazumevaju primenu visoke ili niske temperature. Pesticidi koji se primenjuju u skladištu su: insekticidi  i rodenticidi. Pri radu sa pesticidima treba biti oprezan. Obavezno je poštovati upustvo za primenu ,naročito obratiti pažnju na radnu karencu i karencu.