Pre nego što pokrenemo organsku proizvodnju moramo znati sa kakvim kvalitetom vode raspolažemo, zato vodu moramo ispitati hemijski i mikrobiološki. Standardi su propisani o sadržaju pojedinih elemenata, jer svi elementi su koristni do određene granice a prekomerne kličine istih i te kako mogu biti štetni za naše gajene kulture. Povećane koncentracije pojedinih elemenata može biti od otpadnih voda a najčešći zagađivač voda je čovek, tj. ljudski faktor.
Voda sa kojom navodnjavamo mora biti l ili ll klase, navodnjavati u optimalnom roku, prema vrsti i sorti povrća. Navodnjavanjima počinjemo pre setve i sadnje, ako je suša ili mera nege. U organskoj proizvodnji pravilo je ređe obilnije zalivanje a u te svrhe možemo uspešno koristiti kišnicu, tekuću rečnu vodu, kanalsku vodu, a manje je povoljna hladna bunarska voda (izaziva stres kod biljaka). Voda temperature niže od 15 stepeni, kao i zalivanja u toplim popodnevnim časovima dovodi do oštećenja listova i stabla biljaka, posebno onih koje zahtevaju više temperature za rast (paprika, plavi patlidžan, lubenica). Najpovoljniji i najčešći načini navodnjavanja su ,,kap po kap;. Navodnjavanje kišenjem nije preporučljivo jer dolazi do sabijanja zemlj – kvarenja strukture, dok navodnjavanje brazdama može brzo proširiti spore pojedinih biljnih bolesti.
Povrtarske biljke se u hladnim danima navodnjavaju prepodne a u letnjim kasno poslepodne i noću, ovakvi načini navodnjavanja doprinose uštedi vode (manje isparavanje) a biljka je izložena manjoj promeni temperature.
