Jedan od najvažnijih uslova da se dobije dobra sirovina i povoljna cena je čišćenje i pakovanje lekovitogi začinskog bilja.Tako se stiče poverenje kupaca i potrošača. Čišćenje je prva operacija primarne prerade lekovitog bilja. Odmah posle žetve (berbe) sirovina se donosi na mesto gde se čisti. Kod semena većine kultura čišćenje se obavlja posle sušenja, a može se izostaviti kod ručnog sakupljanja semena i zelenih biljnih organa (list i herba).

Dodatno čišćenje se koristi kod zelenih delova biljke pre pakovanja, zbog mehaničkog rada i usitnjavanja (drobljenja) sirovine. Tu se odstranjuju usitnjeni delovi biljke koji se ili odbacuju ili se koriste za druge namene. Koren se odmah nakon vađenja čisti od bočnih korenova, zemlje i pere u hladnoj vodi. Neki se ljušte i seku na veće ili manje komade i tako suše. Zeljasti delovi (herba) – kod ručnog branja sirovina je dosta čista, ali je ipak treba prekontrolisati. Kod cvetova treba obratiti pažnju na cvetove drugih biljaka i odstranjivati ih, Čišćenje ploda zavisi od namene. Uglavnom treba odstraniti zelene, oštećene, zaražene ili trule plodove.

Seme se lakše čisti nakon sušenja, krupnije odmah nakon žetve a ponekad je potrebno i oprati seme pre sušenja. Odstranjivanje nečistoća je veoma važna operacija pri radu sa lekovitim biljem ne samo zbog kvaliteta droge već i radi lakšeg čuvanja.