Sušenje zrna kukuruza ima značajnu ulogu za dalje skladištenje, posebno kod vlažnog zrna, preko 30% vlage. Zadatak sušenja je da se zrnu oduzme suvišna vlaga, odnosno da ostane samo toliko vlage za latentni život semena. Način sušenja zavisi od namene. Ako se zrno koristi kao stočna hrana koristiće se takav način koji će osigurati hranljivi kvalitet zrna, ako se zrno koristi za semenski materijal sušenje će se obaviti bez oštećenja klice. Radi toga sušenje će se obaviti okolnim vazduhom ili zagrejanim vazduhom.
Sa okolnim vazduhom (nezagrejanim) sušenje se obavlja u silo komori ili podnom skladištu, gde kukuruz ostaje do momenta upotrebe. Stacioniranim ili prenosnim uređajima (ventilatorima), ubacuje se vazduh sa donje strane silo komore ili ubacivanjem vazduha kroz polukružne perforirane cevi u podnim skladištima. Nezasićeni vazduh prolazi kroz masu vlažnog zrna, uzima vodenu paru koja izlazi iz zrna. Prosušivanje zrna okolnim vazduhom zavisi prvenstveno od temperature i relativne vlažnosti vazduha, najbolje su srednje dnevne temperature 4,5-5 stepeni i relativna vlažnost 40-50%.
Sušenje kukuruza zagrejanim vazduhom obavlja se u sušarama raznih tipova koje mogu biti šaržne ili protočne. Zrno kukuruza kombajnira se sinhronizovano sa radom sušara, zavisno od njenog kapaciteta. Sa kombajna se dovozi prikolicama do usipnog koša sušare iz kojih se istovara hidrauličnim ili nagibnim rampama. Pre prijema uzimaju se uzorci za utvrđivanje vlage, loma zrna i ostalih primesa. Vlažan kukuruz se aspiraterima velikog kapaciteta čisti i zatim odlazi na sušenje. Sušenje se obavlja u dve faze: u prvoj fazi zrno se suši na temperaturi od 120-130 stepeni kada se postiže vlaga zrna od 18-20%. Nakon toga toplo zrno odleži 6 sati, zbog izjednačavanja vlage. U drugoj fazi zrno se suši temperaturom od 80 stepeni na vlagu od 13,5-14%.
Brzina sušenja raznih hibrida zavisi od vlage zrna prilikom sušenja. Energenti za sušenje mogu biti različiti (gas, mazut, biomasa) i zavise od tipa sušare. Osušeno zrno se nakon hlađenja skladišti u silo komore ili velika podna skladišta, a pre toga se čisti od sitnog loma i plevica i sposobno je za dugotrajno skladištenje.
Tokom sušenja, zbog visokih temperatura, često dolazi do loma zrna čak i do 20% što pogoduje razvoju raznih štetočina, pa se uskladišteni proizvod mora redovno kontrolisati uzimanjem uzoraka, merenjem vlage i temperature i analizom na prisustvo štetočina.
Kukuruz u zrnu, koji se prirodno osušio na poljoprivrednim gazdinstvima, može da se čuva na podnom skladištu u sloju od 0,5 m sa vlagom od 14 do 15 %. Za objekat gde se skladišti kukuruz u zrnu preporuka je da se na pod postave daske, ili pločasti materijali od drveta, da budu zaštićeni od padavina poput kiše i snega i od naleta vetra. Objekat treba da ima i mogućnost provetravanja. Ukoliko se kukuruz veštački osuši do 14% vlage može na podnom skladištu da se čuva u visini do 2 m. Za čuvanje kukuruza u metalnim ili betonskim silosima je takođe potrebno veštačko dosušivanje kao i za čardake koji su pomoću žice sa sitnim okcima ili daske preuređeni iz čuvanja klipa za čuvanje u zrnu.
