Šargarepina muva je jedna od najznačajnijih štetočina šargarepe, ali napada i paštrnak, celer i repu. Direktne štete nastaju usled bušenja hodnika u samom korenu. Usled ovih šteta, šargarepa počinje da poprima loš miris i kao takva je sklona truljenju. Karakteristična je ljubičasta boja lišća. Takvo lišće se osuši i propada.

Muva ima dve generacije godišnje, od kojih se prva javlja u maju i junu mesecu. Imago prve generacije se javlja u julu. Imago polaže jaja na sam vrat korena ili u okolnu zemlju. Nakon izlaska iz jaja, larve se ubušuju u koren, praveći hodnike. Druga generacija muve pravi štete u periodu od avgusta do septembra.

Što se tiče suzbijanja, primenjuju se agrotehničke i hemijske mere. U agrotehničke mere spada plodored, i to najmanje četvorogodišnji, zatim setva koja treba da bude ili vrlo rana ili vrlo kasna. Poželjno je sabijanje zemlje jer se na taj način smanjuju pukotine kroz koje imago silazi u zemlju. Sejanje luka između redova šargarepe je korisno, jer luk svojim mirisom odbija muve. Prilikom vađenja šargarepe, svo korenje sa simptomima oštećenja ne unositi u skladište i uništiti. Na manjim površinama se mogu koristiti mreže za pokrivanje.

Hemijske mere se ogledaju u upotrebi insekticida i takav način zaštite mora biti strogo kontrolisan jer šargarepa direktno korenom upija pesticide. Mogu se koristiti zrnasti insekticidi koji se preventinvo nanose na površinu pre setve ili nakon setve, uz obaveznu inkorporaciju. Takođe se mogu koristiti insekticidi na bazi hlorpirifosa prskanjem parcele pre setve, uz inkorporaciju.

Od prirodnih preparata treba koristiti  na bazi drvnog pepela, kore narandže ili listova paradajza. Svi preparata se primenjuju u periodu leta šargarepine muve. Preporučuje se da se zemlja pospe smešom pepela i peska u razmeri 1:1 i posuti pet do 10 grama te smeše po metru kvadratnom. Smeša se posipa tokom leta šargerepine muve u razmaku od sedam dana.