Uspeh u čuvanju luka zavisi od mnogo faktora, prvenstveno od zdravstvenog stanja lukovice, temperature, vlažnosti vazduha u skladištu, sorte i sadržaja suve materije. Osnovno je da se luk postepeno suši na temperaturama koje nisu suviše visoke. Luk je veoma zahtevna kultura za čuvanje kojoj treba konstantna pažnja i trebalo bi ga vaditi kada je zreo i odgovarajuće suvoće. Skladišta koja su predviđena za smeštaj luka moraju biti zagrejana na temperaturi od 20°C.

Zagrevanje se mora obaviti brzim podizanjem temperature da ne bi došlo do pojave kondenzacije. Temperatura vazduha koji se ubacuje u skladište ne sme biti veća od 30°C. Razvoj truleži vrata korena (Botrytis sp.) kod luka se obično odvija na početku procesa sušenja, kada gljiva u povoljnim uslovima temperature (22-25°C ) i u prisustvu vlage brzo počinje da se širi iz lisne mase u lukovice. Svaka godina nosi poteškoće tokom perioda berbe koje se odražavaju na čuvanje. Fitopatogene gljive iz roda Botrytis napadaju lukovice kako u polju tako i u skladištima i prouzrukuje propadanje lukovica. Patogen prezimljava u zemljištu, otuda je plodored jedna od najznačajnijih preventivnih mera. U skladište moraju se unositi samo zdrave lukovice i dobro osušene i vlažnost u skladištu mora da se održava na određenom nivou koji sprečava razvoj patogena.

Pri povoljnim uslovima za razvoj gljive može doći do i velikih šteta koje se ogledaju u propadanju lisne mase, smanjenju prinosa i kvaliteta lukovica. Sve vrste lukova, kako gajenih, tako i onih iz spontane flore mogu biti njihovi domaćini. Botrytis allii je uzročnik truljenja glavica u polju koje se nastavlja i kasnije, tokom skladištenja. Često se ova vrsta u polju razvija u latentnom obliku ( bez vidljivih posledica ), a trulež se jače razvija u skladištima nakon mesec dana čuvanja luka. Simptomi truleži javljaju se prvo na vratu lukovice. Patogen zatim prodire u unutrašnjost , zbog čega ovojne ljuspe poprimaju tamniju boju, a izmedju njih se formira beličasta micelija sa konidijama. Ovakve lukovice su podložne bakterijskoj vlažnoj truleži. Ovaj patogen može izazvati simptome na listu koji su u vidu sitnih belih pega sa udubljenjima slamaste boje.Takođe, Botrytis cinerea izaziva trulež glavica, slično kao prethodni patogen.

Botrytis squamosa za razliku od svojih srodnika prourokovač je paleži lista. Simptomi oboljenja se manifestuju u vidu beličastih pega s oreolom svetlo- zelene boje. Slične simptome mogu izazvati tripsi ili neki herbicidi, ali bez prisustva oreola. Pri povoljnim uslovima pege se šire, listovi nekrotiraju i izumiru. Sa zaraženih lukovica parazit dospeva u skladište, a ako se zaraza ne otkrije pravovremeno- trulež će se proširiti i na zdrave lukovice. U zaštiti od ovih patogena najvažnija je upotreba zdravog semena, odnosno sadnog materijala. Preporučuje se sprovođenje mehaničkih i agrotehničkih mera, trogodišnji plodored, uklanjanje ovojnih ljuspi prilikom vadjenja luka i prosušivanje lukovica pre unošenja u skladište. Pri pojavi simptoma na listu , treba primijeniti neki od preparata iz grupe „botriticida“ kao što su Teldor, Switch , Ronilan … Kod proizvodnje mladog luka hemijski tretmani izostaju zbog karence, u tom i svakom slučaju preventivne mere su uvek u prednosti.