U plasteničkoj proizvodnji najvažnija mera pre počeka novog proizvodnog ciklusa je dezinfekcija zemljišta. Ovom merom štitimo proizvodnju od štetnih organizama i korova koji se u zemljištu nagomilavaju usled višegodišnje proizvodnje na istom mestu.Takođe i smanjujemo primenu pesticida čime se sve više teži. Postoje više načina dezinfekcije.
Termičkom dezinfekcijom se u zemljište ubrizgava vodena para uz pomoć uređaja i održava temperatura od 70 do 80 stepeni sat vremena,posle 15 dana može se pristupiti setvi ili sadnji.Solarizacija je dezinfekcija zemljišta iskorišćavanjem sunčeve energije.
Najčešće od juna do avgusta .Dezinfekcija zemljišta primenom insekticida i fungicida je najčešća kod nas. Nakon aplikacije preparata na zemljište ,unese se u plitki sloj(10-15 cm) i tako štiti biljku od infekcije i štetočina.
Fumigacija je najefikasnija dezinfekcija zemljišta. Fumigacijom se mogu suzbijati i korovi i nematode. Fumiganti su jaki otrovi i treba biti obazriv sa njima. U plasteniku ako se radi fumigacija najbolje je u jesen i on mora biti prazan. Biofumigacija podrazumeva setvu određenih biljaka(najčešće iz roda Brassica) koje nakon zaoravanja u vlažnoj sredini oslobađaju izotiocijanate koje smanjuju brojnost nekih patogenih gljiva prouzrokovača bolesti i umanjuju nicanje korova. Za biološku dezinfekciju zemljišta u zaštićenom prostoru koriste se kadifica i neven. Setvom kao predhodni usev zemljište čiste od nematoda i nekih štetnih gljiva.
