Žetva soje se obavlja u tehnološkoj zrelosti kada je sadržaj vode u zrnu 14-15%, a to je nešto pre pune zrelosti.Najkasnije žetvu treba obaviti u fazi pine zrelosti kada u zrnu ima 13-14% vode.U toj fazi biljke su bez lišća ili je lišće žite boje,stablo i mahune su mrke ili žute boje a seme je tvrdo.Kod soje problem žetve je jako izražen što mahune ne sazrevaju jednovremeno i u punoj zrelosti, često pucaju.Ako se žetva obavlja u punoj zrelosti dolazi do osipanja zrna. Drugi problem kod žetve soje je taj što su donje mahune dosta nisko pa ih kombajn često ne zahvata.
Žetva soje može da se obavlja ručno i mehanizovano, jednofazno i dvofazno. Dvofazna žetva se obavlja nešto ranije. Pokošene biljke se ostavljaju u otkosima da se osuše a nakon 8-10 dana se obavlja vršidba.
Najbolji način je jednofazna žetva kombajnom bez obzira na problem koji proističe zbog neujednačenog sazrevanja i osipanja kao i teškog zahvatanja donjih mahuna. Da bi se izbegli gubici zbog osipanja žetvu treba obaviti u što kraćem vremenskom razmaku.Uspeh žetve zavisi i od toga dali je pre setve zemljište kvalitetno odrađeno i poravnato.
Soja namenjena za ishranu stoke u vidu zelene krme kosi se u fazi početka cvetanja. Ako se koristi kao silaža ili seno kosi se u fazi punog cvetanja ili formiranja mahuna.
