Veoma značajni zoohigijenski činilac, kome se danas posvećuje malo pažnje ili se potpuno zanemaruje, je odmor objekta, odnosno vreme od potpunog pražnjenja objekta pa do ponovnog punjenja ili useljavanja. Razlog je sukob dva interesa: stručno – higijenskog koji zastupaju veterinari i agronomi i ekonomski interesi koji se zasnivaju na brzom obrtu i profitabilnosti. Karantin je vremenski različito duga izolacija ljudi i životinja na određenom mestu. Ranije je karantin trajao 40 dana a inkubacija većine zaraznih bolesti traje manje od 30 dana. Danas, već prema pojedinoj zaraznoj bolesti, karantin odnosno izolacija stoke i ljudi traje do 30 dana.
U karantin se stavljaju životinje nepoznatog zdravstvenog stanja, zatim životinje koje su bile u kontaktu sa bolesnim životinjama ili sumnjivim na bolest i u nekim drugim prilikama kad se ukaže potreba. Objekti za karantin moraju biti ograđeni, potpuno izolovani i udaljeni od stočarskih objekata. Otpadne životinjske materije (balega, mokraća, prljavština) ne smeju izlaziti iz karantina ako nisu dezinfikovane.
Osoba koja ulazi i brine o stoci u karantinu obavezno treba da se presvlači i dezinfikuje u sanitarnom čvoru koji je sastavni deo karantina. Po završetku karantina, čiju dužinu trajanja određuje veterinar, potrebno je obaviti dezinfekciju celog prostora, opreme i korišćenog pribora. Smatra se da je najbolje ostaviti objekat da se odmori 21 dan. Za to vreme veliki broj različitih vegetativnih oblika mikroorganizama, uzročnika zaraznih bolesti, propadne izvan organizma životinja, bez ikakvih zahvata na objektu. Kad ne bismo prekidali lanac mikroflore povećavala bi se virulencija pojedinih vrsta mikroorganizama, posebno u nekim zaraznim bolestima pojavljivale bi se grupe mikoorganizama otporne na antibiotike i druge lekove, a što bi uveliko otežavalo lečenje stoke i uzrokovalo velike ekonomske štete. Životinje držane u stajama stalno su u dodiru sa mikropopulacijom, koja sadrži različite uslovno patogene, patogene i nepatogene mikroorganizme. U određenom momentu može izbiti zaraza, a zbog otpornosti klica na lekove nastaće velike štete, posebno ako se pojave virusne zarazne bolesti, primer bronhopneumonija teladi i junadi.
Vegetativni oblici bakterija i većina virusa brzo propadaju ako nisu zaštićeni organskom materijom, a oni koji stvaraju spore ili su zaštićeni organskom materijom mogu veoma dugo preživeti, pa čak i nakon primene dezinficijensa. Postupkom dezinfekcije uklanja se veliki broj različitih uzročnika bolesti iz staje. Nakon toga se objekat opere i temeljno osuši. Ovim postupcima uništava se i dobar deo preostalih mikroorganizama, da bi se dezinficijensima uništili svi mikroorganizmi u staji i na opremi, te prekinuo lanac mikropopulacije između dve populacije životinja u staji. Tako u novom turnusu stoka uđe kao u potpuno novi objekat. Postupak remonta odnosno popravka dotrajale opreme u stajama, sušenje i dezinfekciju treba provesti u vremenu od 21 dan, koliko traje odmor objekta. Prema potrebi dezinfekcija se može obaviti nekoliko puta za vreme odmora objekta.
