Suzbijanje bolesti i štetočina je najveći problem sa kojim se sreću proizvođači voća u organskoj proizvodnji, jer nije dozvoljena primena sintetičkih hemijskih preparata koji se koriste u konvencionalnoj proizvodnji. Cilj zaštite biljaka u ovoj proizvodnji je održavanje nivoa štetnih organizama ispod praga ekonomske štetnosti.
U organskoj proizvodnji najviše se koriste preventivne mere zaštite. Njihovi ciljevi su: obezbediti voćkama što bolje uslove za razvoj da bi bile otpornije, sprečiti razvoj štetnih organizama i pomagati prirodne neprijatelje štetočina. Od preventivnih metoda najviše se koriste: pravilan izbor staništa, gajenje otpornih sorti, prostorna izolacija, optimalna agrotehnika, podrška prirodnih neprijatelja.
U organskoj proizvodnji voća treba raditi na podsticanju biodiverziteta u voćnjaku. Mere koje mogu doprineti tome su: podsticanje naseljavanja ptica postavljanjem kućica, podsticanje razvoja predatora i parazita (ostavljanjem traka travnog pokrivača na ivicama voćnjaka), korišćenje korisnih biljnih vrsta i aleopatskih odnosa (npr. Dragoljub privlači lisne vaši, kadifica se seje sa zemljišnim zaraženim nematodama i sl.). Takođe, treba stalno pratiti pojavu korisnih i štetnih organizama pregledom voćaka ili postavljanjem klopki.
Ako preventivne metode ne daju zadovoljavajuće rezultate treba primeniti direktne mere zaštite. Koriste se sve mere zaštite koje nisu štetne za životnu sredinu: neorganske materije, mamci i klopke, mehaničke i fizičke mere zaštite i biološke mere zaštite. Ukoliko sve druge mere nisu dovoljno efikasne kao krajnja mera se koriste biopesticidi. Tosu najčešće ekstrakti određenih biljaaka koji imaju insekticidno ili repelentno dejstvo. Prednosti biopesticida u odnosu na hemiske su: niska toksičnost za sisare, minimalan štetni efekat na korisne insekte, brzo delovanje i razgrdnja zbog čega imaju mali uticaj na životnu sredinu, visok stepen selektivnosti, kratka karenca i niska fitotoksičnost.
Insekticidi koji su dozvoljeni u organskoj proizvodnji baziraju se na primeni biljnih ekstrakata, mikroorganizama kao i na preparatima čija je aktivna materija mineralno ili parafinsko ulje. Što se tiče fungicida, dozvoljena je primena bakarnih i sumpornih preparata.
