Paprika ima plitak korenov sistem , osetljiva je na nedostatak vode u zemljištu u toku celog perioda vegetacije pa se isključivo gaji u navodnjavanju. Pri gajenju iz rasada masa korena se razvija u sloju od 30-50 cm, papriku je potrebno često zalivati.
Potrebe paprike za vodom variraju u širokim granicama u zavisnosti od sistema gajenja ( iz rasada ili direktne setve) od dužine vegetacije, zemljišnih i vremenskih uslova.. U našim uslovima potrebe za vodom iznose 500 do 600 mm, mada se u literaturi navode i veće vrednosti 600 do 1 250 mm.
Kod proizvodnje iz rasada, prvo navodnjavanje treba primeniti neposredno posle rasađivanja a drugo posle 3-5 dana, kada treba popunjavati mesta gde su se biljke iz prvog rasađivanja osušile. Naredna zalivanja , ako nema padavina, treba vršiti svakih 8-10 dana. Posle svake berbe plodova , papriku treba obavezno zalivati. Kako je plitak koren, zalivnom normom treba prokvasiti sloj zemljišta do oko 20-30 cm. Paprika se može navodnjavati kišenjem ili sistemom kap po kap.
Kod direktne proizvodnje važno je obezbediti vlagu za brzo i ujednačeno nicanje. Ukoliko je površinski sloj zemljišta isušen, potrebno je zaliti malom zalivnom normom, oko 10 mm. Dalja zalivanja zavise od padavina i stanja vlažnosti zemljišta. I za taj način proizvodnje može se navodnjavati po turnusima, samo zalivanja treba da su ređa nego kod proizvodnje iz rasada i iznose 30-40 mm. Sa zalivanjem se prestaje kada plodovi počinju da dobijaju crvenu boju. Pri navodnjavanju, paprika je osetljiva i na temperaturu vode. Optimalna temperatura vode je 26-28ºC, a minimalna oko 20ºC. Ako se zaliva vodom temperature od 17 do 18 ºC usev može da odbaci cvetove i da stagnira u porastu.
