Skladišne štetočine su najznačajniji uzročnici propadanja zrna uskladištenog kukuruza i pšenice. Osnovna mera je omogućiti neophodno provetravanje kako bi se sprečila pojava štetnih mikroorganizama, a još važnije suzbijanje štetnih insekata, pre i posle unošenja pšenice i kukuruza. Štete koje se javljaju mogu preći i 10 %. Osim toga, pre samog skladištenja neophodno je skladišni prostor očistiti i obaviti dezinfekciju. Ukoliko se ne obave mere zaštite skladišta i zrna, štete će biti neizostavne.

Najznačajnije skladišne štetočine su žitni žižak, žižak pirinča, žitni moljac i kestenjasti brašnar. Ove štetočine se hrane zrnom kukuruza i pšenice, a mogu predstavljati problem i drugoj uskladištenoj robi. Zbog toga je neophodno pored fizičkog čišćenja praznih prostora za skladištenje uraditi i hemijsko tretiranje, a nakon toga je potrebno obaviti i direktno tretiranje zrna pšenice i kukuruza sredstvima registrovanim za suzbijanje skladišnih štetočina.

Prilikom berbe kukuruza neophodno je izvršiti pregled zdravstvenog stanja hibrida, gde se kontroliše prisustvo štetnih organizama. Pored direktnih šteta koje insekti nanose svojom ishranom, postoje i indirektne gde se usled oštećenja otvara put za infekcije različitim vrstama patogena. Ukoliko je visok nivo prisustva fitopatogenih gljiva, veoma je važno dalje pravilno rukovanje i skladištenje ovogodišnjeg roda, jer fitopatogene gljive u povoljnim uslovima nastavljaju svoj razvoj i u skladiištu.