Higijena štalskog prostora je sledeći momenat koji treba zadovoljiti, kako bi se konju omogućio kvalitetan smeštaj bez ugrožavanja njegovih fizioloških potreba. Uz krečenje zidova bar jednom godišnje i povremenu dezinfekciju, boksevi se moraju redovno čistiti – izbacivati zaprljanu vlažnu prostirku i pokupiti prašinu, kako sa podova i zidova tako i sa viših delova zida i tavanice.
Često tolerisanje paučine koja se stvara u gornjim delovima boksa neki pravdaju ulogom paukova u odbrani od mušica. Ovakva pojava je ipak ružna, ukazuje na veoma lošu higijenu i ne može nikome služiti kao opravdanje.Bitan element higijene smeštaja jeste prostirka. Na našim prostorima često se kao prostirka koristi slama. Pšenična ili ovsena slama može biti udobna prostirka, ali se teško nabavlja, pri čemu mnogi konji vole da je jedu, što predstavlja potencijalni uzrok poremećaja varenja, u prvom redu kolika.
Slama od ječma je oštra, često bocka i iritira kožu, mada se u kombinaciji sa slamom drugih žitarica može koristiti kao prostirka. Ovsena slama je opet ukusnija zbog čega je konji radije jedu, a to nameće veći rizik od već pomenutih komplikacija. Slama je često izvor organske prašine koja iritira disajne puteve i može da dovede do hroničnog opstruktivnog oboljenja pluća.
Zbog toga se često kao alternativa traže drugi materijali, naročito u krajevima sa toplijom i vlažnijom klimom gde je mogućnost razvoja plesni u slami veća, jer se pomenute respiratorne bolesti uglavnom dovode u vezu sa sporama plesni. Piljevina je prilično udobna i jeftina prostirka, dobro upija vlagu zbog čega je veliki broj vlasnika konja rado koristi. Čistu piljevinu valja povremeno prskati, da se ne bi dizala prašina koja može da nadraži disajne organe. Pored piljevine, u nekim zemljama se koristi seckana hartija, pa čak i gumene obloge.Bez obzira na vrstu prostirke, sloj na kojem konj stoji mora biti što deblji.
Zastiranje boksa tankom steljom predstavlja veliku grešku, koja ni sa ekonomske tačke gledišta nije opravdana – sloj nedovoljne debljine upija malo vlage i nečistoće pa se veoma brzo prlja, tako da ga je neophodno menjati mnogo češće nego debelu prostirku.
Osim toga, udobna, meka i debela stelja pruža konju priliku da legne i odmori se bez opasnosti da će se izguliti, što se redovno dešava kada je prostirka pretanka. Mokre i prljave delove stelje, pri tome, treba svakodnevno uklanjati. Pored redovnog čišćenja prostirke, treba obratiti pažnju i na higijenu hranilica i pojilica – konjska pljuvačka se, naime, meša sa hranom i vodom praveći naslage u unutrašnjosti posude sa neprijatnim mirisom, što može da dovede do odbijanja hrane i vode. Postoji tu još jedan problem – vlažna zrnasta hrana počinje da fermentira i ako je konj kasnije pojede može doći do poremećaja varenja i mnogih gastrointestinalnih poremećaja. Jednom je već istaknut primer klostridioze u zapatu gde je kao dodatak korišćena melasa – površine jasala su bile pod debelom smrdljivom skramom koja je upravo nastala od ostataka melase i konjske pljuvačke. Zato je preporučljivo da se nepojedeni deo obroka uvek ukloni pre nego što se da sledeći.
