Prisustvo štetnih mikroorganizama u lekovitom bilju je posledica neadekvatnog sakupljanja lekovitog bilja, a kasnije i nepotpunog čišćenja i nedovoljnog sušenja; nepovoljnih uslova tokom transporta i skladištenja.
Problemi skladištenja lekovitog bilja slični su kao i kod drugih poljoprivrednih kultura, a bitna razlika je u roku trajanja biološki vrednih sastojaka lekovitog bilja iz razloga što je njihova upotrba ograničena do nekih 18 meseci. Ovaj podatak je značajan zbog primene hemijskih mera u zaštiti lekovitog bilja od štetnih organizama zbog karence .
Skladištenje lekovitog bilja je značajna faza u njegovoj preradi i postoje dva načina skladištenja: kratkotrajno i dugotrajno skladištenje. Kratkotrajno skladištenje odnosi se na transport biljaka i traje od nekoliko sati do jednog ili dva dana i tada kao problem može da se javi mehaničko oštećenje kao i oštećenja od pregrevanja. Najznačajnije metode koje se koriste u cilju pravilnog kratkotrajnog skladištenja su većina fizičkih, hemijskih i bioloških metoda koje se inače primenjuju i prilikom čuvanja hrane(termički tretmani, sušenje, dezinsekcija, zakišeljavanje…). Dugotrajnim skladištenjem se održava kvalitet proizvoda i tada najznačajniju ulogu imaju prostorije za skladištenje koje moraju da ispune određene uslove .
U skladištima lekovitog bilja prisutne su različite vrste štetnih organizama i prisustvo bilo koje vrste štetnih organizama zahteva niz preventivnih i na kraju hemijskih mera.
Ako se redovno ne sprovode zaštitne mere, za kratko vreme dolazi do prenamnoženja štetnih organizama. Za zaštitu od patogena mogu da se koriste neke fizičke(visoka i niska tmperatura ,niska relativna vlažnost, jonizujuće zračenje), mehaničke(određene prepreke za štetočine) i biloške(primena predatora i parazita ). Ove metode često nisu dovoljne i zato posle sledi integralna zaštita koja se sprovodi tokom cele godine i podrazumeva racionalnu upotrebu pesticida uz strogu kontrolu primene. Uglavnom se primenjuje fumigacija u specijanim komorama za tu namenu. Nakon ovog hemijskog tretmana roba se prebacuje u magacine gde se čuva do momenta prebacivanja u proizvodne pogone, a zatim u magacine gotovih proizvoda gde se sprovodi vlažna dezinsekcija jednom mesečno ili prema potrebi. Mera vlažne dezinsekcije je bezopasna što se tiče rezidua jer se ne tretira sama roba .
Prisustvo štetočina u skladištima doprinosi izmeni temperature i vlage uskladištenih proizvoda što dovodi do razvoja gljiva i to najčešće onih koje stvaraju mikotoksine. Suzbijanje skladišnih štetočina indirektno rešava problem mikotoksina. Nekoliko hemikalija je već u upotrebi dok se za neke ispituju mehanizmi dejstva. Najčešće korišćene hemikalije su hlor i hlor dioksid. Vodonik peroksid je uspešan u eliminaciji bakterija sa opreme za preradu biljnog materijala. Lekovito bilje i njegovi proizvodi moraju da budu zdravstveno ispravni da bi se kasnije primenile hemijske mere u sklopu integralne zaštite ako je to nužno.
