Svako ko se bavi proizvodnjom zelene salate je svestan činjenice da je ona posebno ostetljiva na gljivična oboljenja. Najznačajnija i najopasnija oboljenja salate su plamenjača (Bremia lactucae), siva trulež (Botrytis cinerea) i bela trulež (Sclerotinia sclerotiorum).

Plamenjača salate se javlja u prohladnim i vlažnim uslovima. Održava se i prenosi preko zaraženih biljaka i biljnih ostataka. Simptomi se javljaju u početku kao svetlozelene pege koje prvo požute a onda postanu smeđe a na naličju se stvori sivobela prevlaka kao znak razvoja bolesti. Za razliku od plamenjače, siva trulež se razvija u uslovima visoke vlažnosti i visoke temperature gde lišće u osnovi pri dnu glavice požuti, nekrotira i dobije sivu prevlaku. Bela trulež se javlja u vreme formiranja glavica. Listovi se opuste i cela biljka polegne na tlo. Na donjem delu glavice javlja se vodenasta trulež koja ubrzo zahvata celu biljku.

Kako bi se izbegla gljivična oboljenja važna je preventivna zaštita. U prvom redu su izbor tolerantnih sorti i hibrida, uklanjanje svih biljnih ostataka prethodnih kultura kao i zaraženih biljaka u toku vegetacije, ne previše gusta sadnja koja treba da bude pravilna i da u plasteniku budu izvršene sanitarne mere. Takođe treba voditi računa da salata ne izmrzne jer tako ošećeni listovi su podložni bolestima. Mraz najčešće šteti salati koja formira glavicu pa je u tom slučaju najbolje što pre očistiti salatu i ukloniti oštećene listove.