Mnogobrojne vrste korisnih ptica, koje uništavaju štetne insekte u šumama, na poljima, u vrtovima, u izvesnim prilikama napadaju i pčele u letu. Najčešće vrste ptica koje pričinjavaju štete su senice, laste, legati ili pčelari a ponekad to mogu da budu i vrapci. Za odbranu od ptica treba staviti češljeve na leto i podići leto,  hranilice za tzv. korisne ptice treba postaviti dalje od pčelinjaka.

Tokom pčelinje paše, kada se pčelinje zajednice sele u šumovite predele i medvedi uništavaju pčele. Na našim prostorima a i u Evropi, poznat je suri medved. Pored toga što jede med, on jede i leglo i pčele. Pčelinjake posećuje u navratima a košnice uništava noću. Jedina odbrana su tzv „električni čuvari – čobanice“.

U pčelarstvu, miševi se ubrajaju u vrlo značajne štetočine, jer oni mogu potpuno da unište pčelinju zajednicu. Miševi uznemiravaju pčele u zimskom klupku, što može izazvati i nastajanje dijareje kod pčela. U toku jeseni i zime kada su pčele u klubetu, miševi ulaze u u košnicu kroz leto ili kroz progrižene rupe oko njega, jer im košnica služi i kao sklonište. Pojava miševa u košnicama naročiti je zapažena u pčelinjacima koji se nalaze na poljima ili u blizini šuma. Miševi se hrane medom, polenom, mrtvim i živim pčelama. Tražeći toplija mesta u košnici miševi uništavaju saće i između ramova prave gnezdo, tako da se na podu košnice mogu naći otpaci izjedenih pčela, usitnjeno saće i mišji ekskrementi. Delimično izjedene pčele imaju karakterističan miris na ekskremente miševa. Oštećeno saće pčele ne dograđuju u proleće, a matica u njega ne polaže jaja. Ako u takve košnice unesemo druge pčele, ubrzo je napuštaju. Miševe, njihova gnezda kao i detritus u košnici, obično se otkrivaju u proleće prilikom pregleda košnica.

U borbi protiv miševa koriste se: paljenje trave i korova po polju, stavljanje mišolovki s otrovom, premeštanje pčela u druge dezinfikovane košnice. Da  bismo sprečili ulazak miševa u košnice, u jesen se leta sužavaju ili se na njih stavljaju metalni češljevi sa uskim prorezima.