Higijena i čišćenje štale je jedan od prvih i osnovnih parametara koji utiče na kvalitet i higijensku ispravnost sirovog kravljeg mleka. Mehaničko čišćenje štale vršiti svakodnevno – izbacivanjem balege, ispiranjem podova, ali potpuno čišćenje podova i zidova raditi
na leto kada možete lako ostaviti stoku na otvorenom,  dok se čišćenje i sušenje ne završe. Glavno mesto proizvodnje mleka je staja. Staja treba da bude: komforna, okrečena, provetrena, suva, svetla i čista. Higijenski uslovi u staji utiču neposredno ili posredno na kvalitet pomuženog mleka. Direktan uticaj vezan je za infekcije vimena uzrokovane bakterijama iz staje (prostirka, balega).

Pitanje higijene muže ne može se odvojiti od higijene staje. Smeštaj krava je jedan od najvažnijih faktora koji utiče na kvalitet i količinu mleka. Od izuzetnog značaja je održavanje odgovarajuće higijene u staji što se posebno odnosi na:
– čistoću i udobnost ležišta,
– dovoljno dnevne svetlosti,
– dobru ventilaciju,
– higijenu muznih grla.
Dobra staja treba da omogući proizvodnju čistog i zdravog mleka. Važan deo tehnološkog procesa su mesta i
površine za odmaranje krava.

• Higijena staje uključuje:
  karakteristike staje (tip objekta, dimenzije, unutrašnji
  raspored, tip ventilacije i kanalizacije)
• dimenzije prostora za ležanje i kretanje (dimenzije ležišta)kvalitet ležišta, kvalitet prostirke (vrsta, količina, čistoća)
• stanje opreme (ograda, oprema za vezivanje).
  Staja u kojoj se obavlja muža mora se svakodnevno čistiti i na taj način da se održava higijena: ležišta, jasala, pojilica, hodnika za hranjenje, hodnika za mužu. Potrebno je svakodnevno voditi brigu o kvalitetu smeštaja.
  Ležišta su mesta gde životinje najviše borave i moraju biti suva i čista. Dobra prostirka poboljšava higijenu i udobnost ležišta. Prostirka treba da bude od materijala koji je mekan i dobar izolator. Ponašanje životinje najbolje ukazuje na komfor ležišta. Higijena površine za odmor i kretanje doprinosi stepenu čistoće njihovog tela (donjih delova): nogu, prepona, vimena, bokova,
  repa.
  Potrebno je mehaničko čišćenje i pranje hladnom vodom, pranje toplom vodom pod pritiskom, sanitarno pranje detedžentom i toplom vodom pod pritiskom i dezinfekcija staja. Izđubrivanje zavisi od: broja životinja u staji, načina držanja, vrste i količine prostirke, tipa poda, kanalizacije, načina izđubrivanja i stanja opreme
  za izđubrivanje. Izuzetak je držanje grla na dubokoj prostirci. Temeljno
  čišćenje je osnova higijene staje. Ležišta krava moraju
  da imaju dovoljne količine kvalitetne prostirke. Menjanje prostirke obavlja se najmanje jednom dnevno.
  Dnevna količina prostirke iznosi:
  – 3 kg/grlo u vezanom sistemu,
  – 5 kg/grlo u slobodnom sistemu,
  – 8 kg/grlo na dubokoj prostirci.
  Važno je da kanalizacija, ventilacija i osvetljenost dobro funkcionišu. Neophodno je redovno obavljati druge higijenske postupke u staji kao što su čišćenje hranilica, pojilica, popravke podova i zidova i krečenje. Staja treba da se svakodnevno čisti i to svi njeni delovi (ležište, jasle, pojilice). Pored svakodnevnog čišćenja potrebno je barem jednom (optimalno dva puta) godišnje izvršiti:
  – temeljno mehaničko čišćenje,
  – sanitarno pranje,
  – dezinfekciju,
  – krečenje.