Metode organske proizvodnje obuhvataju metode organske biljne proizvodnje i metode organske stočarske proizvodnje. Primenom metoda organske proizvodnje obezbeđuje se:

•  održavanje i poboljšanje zemljišta, fizička, hemijska i mikrobiološka aktivnost zemljišta i njegova stabilnost i biološka raznolikost koja sprečava sabijanje i eroziju zemljišta, kao i ishrana biljaka preko ekosistema zemljišta;
•  minimalna upotreba neobnovljivih resursa i sirovina koje ne potiču sa istog poljoprivrednog dobra;
•  recikliranje otpada i nusproizvoda biljnog i životinjskog porekla kao sirovina u biljnoj i stočarskoj proizvodnji;
•  uvažavanje lokalnih ili regionalnih agroekoloških uslova prilikom donošenja odluka o vrsti i načinu proizvodnje;
• održavanje zdravlja životinja podsticanjem prirodnog imuniteta, kao i izborom odgovarajućih vrsta, rasa i postupaka uzgoja;
•  održavanje zdravlja biljaka primenom preventivnih mera, kao što su izbor odgovarajućih vrsta i sorti otpornih na štetočine i bolesti, odgovarajući plodored, mehanički i fizički postupci zaštite bilja, kao i primena mera biološke kontrole patogena, štetočina i korova, što uključuje i zaštitu prirodnih neprijatelja štetočina gajenih vrsta;

• 

•  praksa uzgoja stoke koja je prilagođena lokaciji i zemlji na kojoj se odvija proizvodnja;
•  poštovanje visokog stepena dobrobiti životinja, uz uvažavanje specifičnih potreba svake vrste;
•  proizvodnja proizvoda iz organskog stočarstva korišćenjem životinja koje su od rođenja, odnosno izleganja, čitav život provele na gazdinstvima koja se bave organskom proizvodnjom;
•  biranje vrsta i rasa, uzimajući u obzir sposobnost životinja da se prilagode lokalnim uslovima, njihovu vitalnost i otpornost na bolesti ili zdravstvene probleme;
•  ishrana životinja hranom za životinje koja se sastoji od poljoprivrednih sastojaka organskog porekla i prirodnih nepoljoprivrednih materija;
•  primena postupaka uzgoja životinja koje poboljšavaju imunitet i jačaju prirodnu odbranu od bolesti, što pre svega uključuje redovne telesne aktivnosti i prema potrebi pristup otvorenim površinama i pašnjacima;
•  isključenje veštački dobijenih poliploidnih životinja;
•  održavanje biološke raznolikosti prirodnih vodenih ekosistema, dugoročnog zdravlja vodene sredine i kvaliteta okolnih vodenih i kopnenih ekosistema u proizvodnji iz uzgoja ribe;
• hranjenje vodenih organizama hranom za životinje koja je dobijena održivom eksploatacijom ribolovnih resursa ili organskom hranom za životinje koja se sastoji od poljoprivrednih sastojaka dobijenih organskim uzgojem i iz prirodnih nepoljoprivrednih materija.