U organskoj biljnoj proizvodnji dozvoljeno je korišćenje zelenišnog đubriva, pokrovnih (međusezonskih) useva, čvrstog i tečnog stajnjaka, komposta i mulja. Za zelenišno đubrivo i pokrovni usev najbolje su mahunarke kojima se popravlja zemljište u sadržaju azota. Ovi usevi se najčešće seju u plodoredu i služe da se poboljša obrada zemljišta i vodni kapacitet, kao i da se nadoknadi azot i druge hranljive materije. Zelenišno đubrivo je usev koji se zaorava u zelenom stanju, pre biološke zrelosti samog useva.

Načina primene zelenišnog đubrenja ima više. U organskoj proizvodnji je raširen sistem usejavanja (npr. kada pšenica dostigne visinu od 10 cm usejava se detelina čiji nagli rast počinje nakon žetve pšenice i u jesen se zaorava kao zelenišno đubrivo). Pokrovni (međusezonski) usev se najčešće seje na kraju sezone i zauzima površinu do početka sledeće sezone. Dodatna pogodnost korišćenja zelenišnog đubriva i pokrovnog useva je da oni imaju tendenciju da smanje ispiranje azota.

Jedan od načina obogaćenja zemljišta je i zaoravanje žetvenih ostataka koje povoljno utiče ne samo na hranidbeni bilans nego i na strukturu zemljišta.

Stajnjak mora biti propisno skladišten i primenjen u skladu sa dobrom poljoprivrednom praksom.Ukoliko gazdinstvo ne raspolaže stočnim fondom dozvoljena je kupovina organskih đubriva sa drugih farmi (tradicionalnih i organskih) na kojima se vrši kontrola pri kojoj se pored ostalog traži potvrda da genetski modifikovani organizmi nisu prisutni u đubrivu.