Zaštita bilja u organskoj proizvodnji bazira se na minimalnoj upotrebi materija koje nisu poreklom sa farme i zasniva se na agrotehničkim merama koje obnavljaju, održavaju i unapređuju ekološku ravnotežu.
Suzbijanje bolesti, štetočina i korova je najveći problem sa kojim se sreću proizvođači u organskoj proizvodnji, jer nije dozvoljena upotreba sintetičkih hemijskih preparata koji se koriste u konvencionlanoj poljoprivredi.
Zaštita bilja u organskoj proizvodnji ne podrazumeva samo prostu zamenu pesticida i konvencionalne poljoprivrede pesticidima koji su dozvoljeni u organskoj. U pitanju je jedan kompleksan sistem kontrole štetnih organizama koji se oslanja pre svega na preventivne mere, kao i dozvoljene biološke mere propisane zakonom i pravilnicima o organskoj proizvodnji. Primena biopesticida samo je krajnja mera koja se primenjuje u okolnostima u kojima sve druge primenjene mere nisu dovoljno efikasne.
Cilj zaštite bilja u organskoj proizvodnji je održavanje nivoa štetnih organizama ispod praga
ekonomske štetnosti.
Ipak u organskoj proizvodnji voća i povrća neophodne su dodatne mere. Postoji čitav niz sredstava za zaštitu i ishranu biljaka, čiju upotrebu u organskoj proizvodnji odobrava Ministarstvo poljoprivrede i zaštite životne sredine Republike Srbije.
