Korist od pravilnog skladištenja stajnjaka je velika: sprečava se zagađenje okoline i vodotokova i postižu maksimalni efekti korišćenja stajnjaka na njivama.

Inače, stajnjak se vrlo često nepravilno čuva u našim domaćinstvima. Njega bi trebalo čuvati na gomilama koje su veličine 1,5 do 2 metra u visinu. Ne treba praviti veće gomile, niti manje, kod kojih dolazi do izuzetno brzog procesa fermentacije, odnosno razgradnje stajnjaka.

To je praćeno povišenom tempetarurom, gde gomila može da se zagreje čak do 60 ili 70 stepeni. U tom slučaju, možete da imate velike gubitke azota iz stajskog đubriva. U slučaju kada čuvate đubrivo na gomili visine 1,5 do 2 metra, dolazi do takozvanog hladnog sagorevanja, pa se mnogo bolje čuva i azot i kompletna organska materija u stajnjaku.

Inače, stajnjak bi trebalo da zgoreva najmanje 5 do 6 meseci, a u nekim slučajevima i 7 do 8, da bi se dobilo kvalitetno đubrivo, koje  se posle rastura na njive.

Nije pogodno rasturati svež stajnjak. Nekada poljoprivrednici veoma koncentrovan stajnjak, kakav je recimo konjski ili ovčiji, koriste za tople leje. Onda on može da se koristi i doprinosi ranoj proizvodnji. U svim drugim slučajevima potrebno je unositi stajsko đubrivo onda kada je zgorelo, jer je korišćenje hranljivih materija tada mnogo mnogo bolje.

Kada je reč o količinama koje je potrebno razbacivati, važno je reći da nekada može i da se pretera. Recimo, 10 do 20 tona stajnjaka bilo bi vrlo preporučljivo svake treće do četvrte godine da se unese u zemljište.

Stajnjak ima produženo delovanje. On nije kao mineralna, veštačka đubriva, kod kojih se sva količina hranljivih materija iskoristi u toku jedne godine. Stajsko đubrivo deluje i po nekoliko godina, jer kalijum kao element kompletno je pristupan u prvoj godini. Azot svega 50%, a fosfor čak i niže.

Međutim, ako imamo slučajeve da gajimo višegodišnje biljke, a zemljište je pre toga bilo loše strukture, nije bilo kvalitetno ili je dugo bilo van poljoprivredne proizvodnje, trebalo bi da se unesu mnogo veće količine. To su takozvane meliorativne količine  (đubrenje na rezervu ), 40 do 50 tona /ha stjanjaka.

U tom slučaju on se unosi na većoj dubini, od 40 do 60 centimetara. U prvom slučaju stajnjak je najbolje unositi na dubini od 15 do 20 centimetara da bi njegovo iskorišćenje bilo potpuno.

Unošenjem organskih đubriva u zemljište unose se i korisni mikrorganizmi, a istovremeno se aktivira njihov rad. Razgradnjom, uneta organska materija se delimično mineralizuje, ali iz produkata razgradnje se sintetizuju novavisokomolekularna organska jedinjenja – humusne materije. Humus je izuzetno značajan u zemljištu, jer utiče na čitavu dinamiku i na sve osobine zemljišta i zato se i naziva regulatorom plodnosti zemljišta. Od te regulatorske funkcije posebno je značajan njegov uticaj na sposobnost zemljišta za bolje primanje i zadržavanje vode, zatim uticaj na strukturu, na vodni, vazdušni i toplotni režim.

Optimalno vreme za primenu stajnjaka zavisi od klime, teksturne oznake i stepena zrelosti stajnjaka. U aridnoj i semiaridnoj klimi stajnjak može da se primeni znatno pre setve, a na peskovitim lakim zemljištima primenu treba što više približiti vremenu setve. Klimatski uslovi i tekstura i tekstura zemljišta utiču na brzinu razlaganja stajnjaka. Razlaganje je brže u lakšem zemljištu i u humidnoj klimi, gde zbog brzih procesa razlaganja preti opasnost od ispiranja hraniva. To naravno određuje i vreme primene stajnjaka. U sušnoj klimi, na teškim zemljištima stajnjak za jare useve daje se u jesen, a u humidnoj klimi i na lakim zemljištima u proleće.

Đubrenje stajnjakom treba organizovati tako da izvoženje, rasturanje i zaoravanje budu sinhronizovani. Stajnjak odmah po rasturanju treba zaorati na odgovarajuću dubinu. Ako se stajnjak kasnije zaorava nastaju veliki gubici. Prvenstveno, amonijak se gubi valotizacijom, što znatno smanjuje fertilizacionu vrednost stajnjaka, što se vidi iz ovih podataka: – Vrednost odmah zaoranog stajnjaka, posle rasturanja, je 100%; – Vrednost stajnjaka zaoranog 6 sati posle rasturanja je 80%; – Vrednost stajnjaka zaoranog 24 sata posle rasturanja je 70%; – Vrednost stajnjaka zaoranog 4 dana posle rasturanja je 50%. Količina stajnjaka zavisi od količine raspoloživog stajnjaka na gazdinstvu ,od osobina zemljišta i klime, od kvaliteta stajnjaka i zahteva useva.