Da bi se mlade biljke lucerke dobro razvile potrebno je da imaju dovoljno hraniva na raspolaganju. Đubrenje lucerke u letnje-jesenjem roku je isto kao i u prolećnoj setvi. Pored Ca,najvažnija hraniva za zasnivanje lucerišta su P2O5 i K2O. Kalcijuma uglavnom ima u našim zemljištima a kalcifikacijom kiselih zemljišta obezbeđuju se biljke ovim hranivom i na lošijim zemljištima. Preporučuje se da u zasnivanju lucerišta bude 100-150 kg/ha P2O5,a 60-100kg/ha K2O.
Primena azotnih đubriva nije tako značajna ali se preporučuje do 30-50 kg/ha.Ova količina azota je potrebna da ubrza razvoj klijanaca lucerke dok ne počne aktivnost bakterija azotofiksatora.U zasnivanju lucerke preporučuje se primena mineralnih đubriva NPK (10:30:20),u količini 500-600 kg/ha sa osnovnom obradom a 200 kg/ha u predsetvenoj pripremi. Primena organskih đubriva takođe povoljno utiče na bolje zasnivanje lucerišta,posebno na siromašnim i slabo kiselim zemljištima.Stajnjak popravlja fizičko-hemiska i mikrobiološka svojstva zemljišta a efekat se ispoljava tokom svih godina iskorišćavanja lucerke. Poželjno je da se stajnjak unese pod predhodni usev a ne preporučuje se primena stajnjaka pre setve lucerke.
Preporučuje se da se unese sa osnovnom obradom 40-80 t/ha dobro zgorelog stajskog đubriva uz obaveznu zaštitu od korova.Primenom stajnjaka zemljište se može zaraziti vilinom kosicom što je mogućno ukoliko je stoka jela zaraženo seno.