Za proizvodnju krompira, kao jednog od najvažnijih poljoprivrednih proizvoda, jedna od najbitnijih agrotehničkih mera je njegova zaštita.

U organskoj proizvodnji nije dozvoljena upotreba materijala hemijsko-sintetičkog porekla, tako da je u proizvodnji krompira metodom organske proizvodnje zaštita, kao jedna od mera nege, veoma kompleksna i specifična. To je jedan od najvećih problema i od njenog uspeha umnogome zavisi ostvaren prinos.

U organskoj proizvodnji krompira korovi se uništavaju mehaničkim putem. Na manjim površinama mogu se uništavati ručno – plevljenjem ili okopavanjem, dok se na večim površinama uništavaju međurenim kultiviranjem. Poželjno je da se korovi uništavaju što češće, bar na dve do tri sedmice, kako bi se sprečilo da korovi ojačaju i tako spreče rast biljaka krompira.

Ekonomski najznačajnija štetočina krompira je krompirova zlatica i njeno suzbijanje je veoma značajno. Posebnu pažnju treba posvetiti izboru parcele, vodeći računa da je parcela na što većoj udaljenosti od prošlogodišnjih parcela. Odrasli insekti krompirove zlatice prezimljavaju u zemljištu i ukoliko je usev krompira blizu vrlo rano počinju da se hrane i polažu jaja u novi usev.

Mehaničke mere podrazumevaju sakupljanje imaga i larvi, i njihovo uništavanje. Međutim, ovo je moguće raditi samo na manjim parcelama.

U prirodi postoji nekoliko biljaka (biljke repelenti) koje odbijaju krompirovu zlaticu. Te biljke su ren, buvač i žalfija. One se seju ili sade imeđu redova krompira ili oko useva krompira formiranjem pojaseva. Koren rena sadrži etarska ulja zbog kojih ga krompirova zlatica izbegava i obilazi u širokom luku. Buvač je važan u odbijanju napada vaši, stenica i krompirove zlatice, a i kontaktni je insekticid, jer sadrži piretrin i smrtonosan je za insekte pri dodiru.

Malčiranje, pored zaštite od korova, stvara i staništa za predatore krompirove zlatice.

U zaštiti od krompirove zlatice može se koristiti i gajenje klopka – useva, što je u ovom slučaju plavi patlidžan koga krompirova zlatica radije jede. Kada dođe do prenamnožavanja štetočine, ona se uništava zajedno sa njima i tako se sprečava prelazak na biljke krompira.

Biološka kontrola štetočina se zasniva na primeni njihovih prirodnih neprijatelja. U organskoj proizvodnji dozvoljena je primena insekticida na bazi Baccilus thuringensis, koji nisu dovoljno efikasni, ali zajedno sa preventivnom merama daju zadovoljavajuće rezultate.

Zaštita krompira od krompirove zlatice može se vršti i korišćenjem same krompirove zlatice. Poznato je da insekti ispuštaju određene mirise kako bi označili svoje teritorije i time označili svoju brojnost. Tako na primer pri velikom napadu na jednu teritoriju, insekti na osnovu mirisa raspoznaju da su te teritorije već zaposednute i nastavljaju dalje. Upravo to kod krompirove zlatice možemo iskoristiti. U toku vegetacije krompira, svakodnevnim obilascima useva vršićemo skupljanje zrelih insekata i imaga zlatice. Nakon njihovog skupljanja, treba pristupiti njihovom uništavanju gnječenjem, pa intenzivnom sušenju. Tako svaki dan. Osušene insekte treba skupljati u sud koji se može dobro zatvoriti da ne bi primio vlagu, pretvoriti ih u prah i takve čuvati do naredne vegetacije. Pri početku vegetacije krompira, od praha koji se zatim rastapa u vodi i njime tretiraju biljke krompira ili se ako posedujemo veću količinu praha njime tretira površina oko biljaka kako bi se sprečio prelazak insekata po zemlji.

Od bolesti krompira najveće štete nanosi plamenjača krompira. Mere borbe protiv plamenjače krompira mogu biti preventivne i direktne. U preventivne mere spadaju pospešivanje što bržeg razvoja krompira (naklijavanje, izbor ranih sorti), smanjenje vlaženja lišća (navodnjavanje u brazde ili “kap po kap”), izbor zdravih krtola za sadnju. Direktne mere podrazumevaju primenu fungicida koji se nalaze na listi dozvoljenih u organskoj proizvodnji.

U uslovima organske proizvodnje krompir je najbolje saditi pored sledećih kultura: ren, pasulj, kim, pitoma nana, kelj pupčar, spanać, bob. Ove biljke su dobri susedi, dok su loši susedi paradajz, grašak, pasulj, tikve, krastavac, luk, cvekla, celer.