Prilikom zasnivanja zasada jabuke neophodno je birati terene sa što kvalitetnijim zemljištem, naročito kad je u pitanju organska proizvodnja. Đubrenje na zalihu (meliorativno đubrenje) obavlja se organskim đubrivima, najčešće stajnjakom, i mineralnim PK đubrivima. Kako u organskoj proizvodnji upotreba lakorastvorljivih đubriva nije dozvoljena, jedini izbor su organska đubriva proizvedena na farmi i, u posebnim slučajevima, prirodna mineralna đubriva.
Kad je u pitanju organska proizvodnja, veći je problem đubrenje tokom plodonošenja. Razlog tome je što u organskim đubrivima količina hraniva nije precizno dozirana kao u veštačkim i hraniva se oslobađaju kroz duži vremenski period.
Azot se lako ispira iz rizosfere i u organskoj proizvodnji je nedostatak azota čest problem, naročito u prvim godinama proizvodnje. Određivanjem sadržaja potencijalno mineralizujućeg azota i brzine mineralizacije organske materije može se značajno poboljšati efikasnost korišćenja azota od strane biljaka. Metoda koju bi trebalo koristiti u đubrenju zasada jabuka azotnim đubrivima je N-min metoda. Ova metoda omogućava racionalnu primenu azotnih đubriva, pri čime se izbegava opasnost od upotrebe previsokih doza azota. Osnovni princip ove metode je da se đubri na osnovu stvarnih potreba voćaka za azotom, čime se postiže dobar kvalitet plodova i ne dolazi do zagađenja agroekosistema.
U organskoj proizvodnji značajno pitanje je i održavanje biljnog pokrivača u voćnjaku. Biološka fiksacija azota od strane gajenih leguminoza u voćnjaku može biti važan izvor azota u ishrani jabuke.
