Velike količine stajnjaka koje se stvaraju na farmama, ukoliko se ne odlažu na odgovarajući način, uzrokuju velike ekološke probleme: zagađenje površinskih, a potom i podzemnih voda. Zbog toga je način odlaganja stajnjaka u većini zemalja propisan zakonom.

Čvrsti stajnjak se odlaže na ograđene betonske površine sa drenažnim kanalima za prikupljanje tečnog stajnjaka koji se vremenom cedi. Drenažni kanali taj tečni deo odvode do jame izgrađene za te potrebe.
Tečni stajnjak i osoka se takođe odlažu u za to predviđene objekte, najčešće napravljene od armiranog betona sa cementnom glazurom, ograđene žičanom mrežom i opremljene odgovarajućim mešačima i aeratorima za njihovu homogenizaciju (mešanje).

Ovi objekti grade se uz farmu, na udaljenosti od nekoliko metara do nekoliko desetina metara, u zavisnosti od konfiguracije terena, potreba i mogućnosti pristupa mehanizacije za izđubravanje (utovarivači, prikolice, cisterne i dr.).
Kapacitet objekata zavisi od broja životinja na farmi. Važno je znati koliko životinje za koje se objekti grade može proizvesti čvrstog, odnosno tečnog stajnjaka u toku jednog dana. Na osnovu tog podatka i broja životinja, kao i na osnovu broja dana predviđenog za skladištenje, izračunava se kapacitet tih objekata.

Po pravilu, njihova gradnja iziskuje značajna sredstva, zbog čega je neophodno dobro projektovati kapacitete koji se grade u skladu sa važećom zakonskom regulativom.
Materijal za ovakva skladišta je dosta skup, i treba imati na umu da pomoćni objekti mogu koštati koliko i izgradnja same farme, u nekim slučajevima. Npr. bazeni za skladištenje tečnog stajnjaka na farmama svinja i više. U većini zemalja resorna ministarstva subvencionišu izgradnju tih objekata, u većem ili manjem procentu.
Neophodno je takođe nabaviti i odgovarajuću opremu i mehanizaciju za iznošenje stajnjaka na njivu. Tu se najčešće, ako je reč o čvrstom stajnjaku, koriste odgovarajući stacionirani ili samohodni utovarivači i prikolice. Za tečni stajnjak, neophodni su mešači i aeratori, kao i pumpe za ispumpavanje stajnjaka u cisterne, čiji kapacitet zavisi od potreba. Savremene cisterne opremljene su odgovarajućim aplikatorima koji tečni stajnjak ili osoku ubrizgavaju u površinski sloj zemlje na dubini 5–10 cm. Na taj način se gubici azota smanjuju na minimum, a efekti đubrenja su maksimalni.
U nekim zemljama zakonom je regulisan i vremenski okvir za iznošenje čvrstog i tečnog stajnjaka doba godine i potrebe biljaka za prihranom odgovarajućom vrstom stajnjaka, odnosno đubriva sa većim ili manjim sadržajem azota, fosfora ili kalijuma i dr.
Korist od pravilnog skladištenja stajnjaka je velika: sprečava se zagađenje okoline i vodotokova i postižu maksimalni efekti korišćenja stajnjaka na njivama
Sve ovo veoma lako se može postići kodeksom tzv. DOBRE PONjOPRIVREDNE PRAKSE

Kodeks dobre poljoprivredne prakse (DPP) čini minimum standarda za upravljanje farmom i oni uključuju:
– Zaštitu prirodnih resursa
-Upravljanje okolinom
– Bezbednost radne snage
– Zdravlje i dobrobit životinja
– Bezbednost hrane i hraniva
– Zdravstvenu zaštitu.

Stajnjak treba da odgovara zahtevima useva za nutrijentima uz minimum zagađenja okoline;

– stajnjak treba često uklanjati iz staja;
– životinje, staje i skladišta za stajnjak treba da budu locirani tako da se minimizira
njihov štetan uticaj na okolinu;
– efluenti koji štete vodi (osoka, tečnosti iz silaže, itd.) ne smeju oticati iz stočarskih objekata, objekata za skladištenje farmskog stajnjaka, skladištenog hraniva ili drugih objekata na farmi
– jasni podaci o kvantitetu, kvalitetu, tipu i periodu aplikacije đubriva i pesticida se moraju voditi za svaku pojedinačnu parcelu i čuvati nekoliko godina;
– zapremina skladišta za stajnjak u vreme kada rasturanje nije dozvoljeno treba da je 6 meseci, ali se preporučuju rezervoari za period od 8 meseci skladištenja;
– silažni efluenti za vreme pripreme i skladištenja silaže treba da budu sakupljeni u skladište.