Prvenstveni cilj organskog đubrenja jeste povećanje biološke aktivnosti zemljišta, a time i njegove plodnosti. Unošenjem organske materije popravljaju se fizičke, hemijske i biološke osobine zemljišta. Zbog veće aktivnosti organska materija ima veliki uticaj na celokupnu dinamiku zemljišta i na sve njegove osobine.
Unošenjem organskih đubriva u zemljište unose se i korisni mikroorganizmi, a istovremeno se aktivira rad mikroorganizama u zemljištu. Razgradnjom, uneta organska materija se delimično mineralizira, ali iz produkata razgradnje se sintetizuju nova visokomolekularna organska jedinjenja – humusne materije. Humus je izuzetno značajan u zemljištu, jer utiče na čitavu dinamiku i na sve osobine zemljišta i zato se i naziva regulatorom plodnosti zemljišta.

Od te regulatorske funkcije posebno je značajan njegov uticaj na sposobnost zemljišta za bolje primanje i zadržavanje vode, zatim uticaj na strukturu, na vodni, vazdušni i toplotni režim. Teška glinovita zemljišta unošenjem organske materije postaju rastresitija, a laka peskovita vezanija, više zaštićena od erozije i deflacije. Mineralizacijom organske materije oslobađaju se biljna hraniva i ugljen-dioksid, neophodne materije u procesu fotosinteze. Ugljen-dioksid oslobođen razlaganjem organske materije doprinosi aktiviranju hraniva iz postojeće rezerve zemljišta, povećavajući njihovu pristupačnost za biljke.
S obzirom na vreme od 3-5 meseci koje je potrebno za sazrevanje stajnjaka, izvoženje i zaoravanje stajnjaka, sa manje ili više uspeha, može da se obavlja u sva četiri godišnja doba. Iznošenje stajnjaka u letnjem periodu, po završetku žetvenih radova, pogodno je sa stanovišta organizacije rada. Međutim, usled visokih temperatura mogu da nastanu veliki gubici ne samo zbog isparavanja vode i gubitaka amonijaka, nego i usled brze mineralizacije može doći do isparenja nitratnog azota u jesenje-zimskom vremenu.

Đubrenje stajnjakom u jesen pre osnovne obrade je povoljno, jer su gubici pri izvoženju svedeni na minimum i stajnjak se dobro izmeša sa zemljom. Ovo vreme izvoženja stajnjaka je nepovoljno iz organizacionih razloga, jer je to sezona kad na gazdinstvu ima najviše posla oko berbe, žetve i pripreme zemljišta za ozime useve. Osim toga, u slučaju tople i vlažne zime i kod jesenjeg izvoženja stajnjaka može doći do ispiranja nitrata u dublje slojeve. Kod zimskog izvoženja stajnjak se rastura po snegu ili po smrznutom zemljištu.

Gubici u to vreme, zbog niskih temperatura, su beznačajni, ali nastaju teškoće u vezi sa zaoravanjem stajnjaka. Iznošenje stajnjaka u proleće pre drugih radova je povoljno, jer su gubici hraniva minimalni, a usev u toku vegetacije koristi hraniva koja se oslobađaju iz stajnjaka. Međutim, davanje svežeg stajnjaka u proleće može da izazove azotnu depresiju. Osim toga, pri zaoravanju stajnjaka u proleće dolazi do većih gubitaka zemljišne vlage, usled povećane evaporacije. Optimalno vreme za primenu stajnjaka zavisi od klime, teksturne oznake i stepena zrelosti stajnjaka. U aridnoj i semiaridnoj klimi stajnjak može da se primeni znatno pre setve, a na peskovitim lakim zemljištima primenu treba što više približiti vremenu setve. Klimatski uslovi i tekstura zemljišta utiču na brzinu raz laganja stajnjaka. Razlaganje je brže u lakšem zemljištu i u humidnoj klimi, gde zbog brzih procesa razlaganja preti opasnost od ispiranja hraniva.

. Đubrenje stajnjakom treba organizovati tako da izvoženje, rasturanje i zaoravanje budu sinhronizovani. Stajnjak odmah po rasturanju treba zaorati na odgovarajuću dubinu. Ako se stajnjak kasnije zaorava nastaju veliki gubici. Prvenstveno, amonijak se gubi volatizacijom, što znatno smanjuje fertilizacionu vrednost stajnjaka, što se vidi iz ovih podataka:
• Vrednost odmah zaoranog stajnjaka, posle rasturanja, je 100%;
• Vrednost stajnjaka zaoranog 6 sati posle rasturanja je 80%;
• Vrednost stajnjaka zaoranog 24 sata posle rasturanja je 70%;
• Vrednost stajnjaka zaoranog 4 dana posle rasturanja je 50%.

Količina stajnjaka zavisi od količine raspoloživog stajnjaka na gazdinstvu, od osobina zemljišta i klime, od kvaliteta stajnjaka i zahteva useva. Pošto na gazdinstvu po pravilu nema dovoljno stajnjaka, zato se u novije vreme predlažu manje doze 8-10 t/ha. Time se oživljava aktivnost zemljišnih organizama, što veoma pozitivno deluje na plodnost zemljišta. Na zemljištima siromašnim u humusu i hranivima i gde dugo vremena nije đubreno organskim đubrivima, zatim na glinovitim i peskovitim zemljištima treba đubriti obilnije, jer stajnjak popravlja fizičke, hemijske i biološke osobine zemljišta.

Pod uticajem redovne primene stajnjaka laka zemljišta postaju vezanija, otpornija na eroziju i deflaciju. Istovremeno, povećava se snaga držanja vode, sadržaj pristupačne vode u zemljištu, poboljšavaju se sorpcione osobine zemljišta. Stajnjak povoljno deluje na toplotni režim zemljišta. S obzirom na to da stajnjak povećava ukupnu poroznost, do izvesne granice utiče i na brže zagrevanje zemljišta.
Iako je koncentracija mineralnih materija u stajnjaku mala, ipak se u zemljište unose značajne količine hraniva. Biljna hraniva u stajnjaku su hemijski vezana za organsku materiju i postepeno se oslobađaju u procesu mineralizacije. Zato je stajnjak sporodelujuće đubrivo i on u zemljištu deluje više godina, zavisno od osobina zemljišta, klime, primenjene količine i dubine zaoravanja.
Stajnjak je prvenstveno azotno i kalijumovo đubrivo, dok je sadržaj fosfora znatno niži. Iz stajnjaka se najbrže oslobađa kalijum, zatim azot, dok fosfor sporije prelazi u pristupačan oblik. Stajnjak zbog postepenog oslobađanja hraniva ima izraženo produženo dejstvo. Na teškim zemljištima dejstvo stajnjaka u proseku traje 4-5 godina, na ilovačama 3-4, a na lakim zemljištima 2-3 godine.