Sve veća proizvodnja šampinjona donosi i probleme kao što su pojava bolesti i štetočina, kao i pitanje njihovog suzbijanja. Uslovi u kojima se šampinjoni gaje (povećana relativna vlažnost, umerena osvetljenost i temperatura) dovode do razvoja fitopatogenih gljiva, bakterija i virusa koji u pojedinim slučajevima ugrožavaju celu proizvodnju. Pravilno odnegovan kompost, tj. kvalitetna pasterizacija i pakovanje predstavljaju prvi korak u gajenju šampinjona. S obzirom na to da se proizvodnja šampinjona odvija na istom mestu od berbe do berbe (ne postoji mogućnost plodoreda) svaka infekcija koja se javi u gajilištu uvećava mogućnost infekcije i propadanja proizvodnje.

Zaštita je veoma teška jer postoji velika mogućnost da u plodištima pečurke zaostanu ostaci sredstva za zaštitu bilja. Uspešna zaštita od bolesti i štetočina veoma se teško postiže zbog malog broja preparata koji se za to koriste, a veliki broj proizvođača u našoj zemlji primenjuje preparate koji se ne nalaze na listi dozvoljenih za šampinjone.

Odumiranje gljive. U slučaju rane zaraze prvi simptomi su raspadanje micelije i mnogo praznih mesta. A ako je zaraza nastala kasnije nastaju deformisana, sluzava i tamna plodišta. Uzročnici su više vrsta virusa, a prenose ih nematode, insekti. Suzbija se preventivnim merama. Prostorije za uzgoj šampinjona moraju biti čiste. Pod prostorija mora se prati svaki dan. Mašine treba dezinfikovati formalinom i njime svakodnevno potapati čizme radnika.

Mycogone perniciosa – uzročnik vlažne truleži

Najčešća i vrlo raširena bolest šampinjona. Patogen inficira mlade gljive koje se deformišu i procesom hiperplazije nastaju tumoraste tvorevine koje su prekrivene micelijom i sporama gljive. Odrasle pečurke poprimaju nepravilan loptast oblik sklerodermalnog porekla, veličine oko 10 cm. Boja im se menja u crvenomrku sa pojavom eksudata neprijatnog mirisa koji dodatno privlači mušice. Izvori zaraze mogu biti u neadekvatno pripremljenom kompostu, prostorijama i alatima koji se koriste, ostacima od prethodnog branja i insektima koji su često prenosioci. Mycogone perniciosa ne podnosi temperaturu preko 55°C i baznu sredinu. Mere zaštite su: dezinfekcija prostorija, dezinfekcija alata, i to najbolje vrelom parom, i odstranjivanje zaraženih šampinjona.

Verticillium fungicola – uzročnik suve truleži

Jednako je opasno oboljenje kao i vlažna trulež. Ispoljavanje simptoma pre svega zavisi od razvojne faze u kojoj se gljiva nalazi, tj. ako je infekcija ranija, simptomi će biti izraženiji. Na zaraženim plodonosnim telima uočavaju se tamnomrke pege nepravilnog difuznog oboda sa konidijama. Plodišta se raspucaju i suše. Verticillium fungicola je aktivna na temperaturi preko 25°C. Skrivene zaraze često mogu biti potencijalni izvor inokuluma. Konidije se prenose vazdušnom strujom, beračima i vodom za zalivanje. Neke grinje (Tyrophagus spp.) hrane se konidijama ovog patogena. Simptomi su u vidu sitnih i kožasatih plodišta, a klobuk je smeđ. Mere zaštite su iste kao i kod prethodnog patogena. U uzgojnim prostorijama treba sprečiti kapanje vode regulisati i izbegavati promaju.

Paučinasta plesan – uzročnik Cladobotryum dendroides (sin. Dactylium dendroides)

Ova patogena gljiva se brzo širi u vlažnim i toplim uslovima sredine u kojima se uzgajaju šampinjoni. Najčešći izvori inokuluma su ostaci prethodno obranih pečuraka i neadekvatna dezinfekcija prostora i alata. Zaražene pečurke poprimaju ružičastomrke pege, praćene procesom truljenja i neprijatnim mirisom. Mere zaštite – održavanje higijene uzgajališta, a interventna mera je pokrivanje zaraženog mesta papirom natopljenim etanolom i potom posipanje solju. Mesto zaraze može se tretirati i krečom u prahu.