Najvažniji preduslov uspešnog gajenja biljaka tj. proizvodnje cveća u zaštićenom prostoru je obezbeđenost optimalnih uslova za njihov rast i razvoj. Kao opšte agrotehničke mere zaštite u zaštićenom prostoru mogu se izdvojiti sledeće : održavanje visokog nivoa higijene objekta, alata, pribora i kontejnera koji se ponovo koriste; redovno uklanjanje svih korovskih biljaka iz objekata i oko objekata; upotreba zdravog sadnog/ semenskog materijala; tretiranje semena pre setve; korišćenje dezinfikovanih supstrata za gajenje; korišćenje vode koja nije kontaminirana patogenima.

Kao posledica infekcije fitopatogenim gljivama nastaje bolest propadanja klijanaca i najčešće je izazivaju vrste  roda Rhizoctonija, ali i vrste iz rodova Botrytis, Alternaria i Pythium, naročito u uslovima preterane vlažnosti supstrata i vazduha u objektu. Do infekcije može doći pre nicanja (usled slabe klijavosti semena), ali i posle nicanja (klijanci propadaju zbog infekcije korena ili stabla).

Zadovoljavajuća higijena u objektu, dobar režim ishrane i navodnjavanja i upotreba zdravog sadnog materijala, preventivna primena fungicida, predstavljaju neophodne preduslove uspešne zaštite. Vrste iz rodova Pythium, Phytophthora, Fusarium, Rhizoctonia, Verticillium i Sclerotinia, su patogeni koji se prenose zemljištem, zato je dezinfekcija najefikasniji način suzbijanja. Inače, kod nas je uobičajena praksa da se za dezinfekciju zemljišta koristi Basamid granulat koji je registrovan kao fumigant za suzbijanje insekata u zemljištu .

Od fungicida za suzbijanje prouzrokovača truleži korena i prizemnog dela stabla, za primenu u zaštiti ukrasnih biljaka u Srbiji registrovane su samo dve aktivne materije: propamokarb-hidrohlorid- samostalno i u kombinaciji sa fosetil-aluminijumom.

Kako stari, tako i novi načini gajenja cveća suočeni su sa problemom pojave prouzrokovača biljnih bolesti kao što je pepelnica, siva trulež, pegavost lista. Što se tiče pepelnice početni simptomi su u vidu brašnaste prevlake na licu lista a u slučaju jačeg napada ona se širi i na naličje lista i stablo. Zaraženo mlado lišće  nepravilno razvija i deformiše, a kasnije se suši i propada.

Strategija suzbijanja podrazumeva izbalansiranu ishranu biljaka, bez suvišnih količina azota, redovno provetravanje objekta, održavanje optimalne temperature i uklanjanje obolelih delova biljaka.

Za suzbijanje prouzrokovača pepelnice u zasadu ruža registrovani su bupirimat, benomil, miklobutanil, sumpor i Bacillus subtillis, dok je za zaštitu hrizanteme registrovan samo sumpor. Siva trulež, koju prouzrokuje Botrytis cinerea, predstavlja veliki problem pri gajenju cveća u zaštićenom prostoru. Štete najčešće nastaju u objektima u kojima nije pravilno regulisana temperatura i vlažnost vazduha , gde je loše održavana higijena i gde nije obavljeno uklanjanje obolelih delova biljaka. Od fungicida, za zaštitu cveća od B.cinerea registrovan je kod nas samo propineb u zaštiti lale. Što se tiče bolesti pegavost lista , najčešći prouzrokovači su vrste iz rodova Alternaria, Septoria i Colletotrichum.