Voćne rakije moraju biti bistre i čiste. Neretki su slučajevi da se u rakijama javljaju pojedine mane, odnosno nedostaci, nastali kao posledica grešaka prilikom pripreme voća  ili tokom pečenja rakije. Neke mane se ne mogu ispraviti, dok se pojedine mogu popraviti delimično ili u potpunosti. Važno je da se, čim se uoče i utvrde mane, odmah krene sa popravkom.
Mane koje se javljaju kod voćnih rakija mogu se podeliti u dve grupe:
– mane koje se opažaju vizuelno i
– mane primetne na mirisu i ukusu.
Prvoj grupi pripadaju raznorazni talozi i mućenja. Zamućenja izazivaju razne čestice nerastvorljive u etanolu i vodi, koje su sa strane unete u rakije. Do zamućenja može doći:
– ako se svođenje destilata (finalizacija rakije) vrši običnom ili nedovoljno omekšalom vodom (pahuljice ili talog bele boje). Ovakvu rakiju neophodno je predestilisati i destilovanom vodom svesti na željenu jačinu;
– ako se destilišu sirovine sa povećanim sadržajem isparljivih kiselina ili sumpordioksida može se očekivati povećan sadržaj bakra (crvenkasti talog);
– ako teški metali dospeju u rakije usled čuvanja detilata u sudovima od bakra ili gvožđa, ili korišćenjem vode bogate gvožđem, za svođenje destilata (žuto-mrki talog). Za uklanjanje teških metala iz rakija primenjuje se predestilacija predhodno neutralisane rakije da natrijum-hidroksidom do N-7;
– ako rakije sazrevaju u novim drvenim sudovima, može doći do toga da rakija poprimi neželjenu boju koja je siguran znak daljeg mućenja. Ovakve rakije treba najpre svesti na 20 vol%, a potom obaviti bistrenje eponitom (aktivnim ugljem) (10-20g/hl). Kontakt između eponita i rakije ne seme biti duži od 24h.

Drugoj grupi mana, svakako, pripadaju kisele rakije koje su ujedno i najčešća mana kod rakija. Razlog ovoj pojavi su isparljive kiseline koje iz ukišeljenog prevrelog kljuka prelaze u destilat u toku same destilacije. Kiseli destilati se mogu tretirati sa kalcijum-karbonatom. Uglavnom je dovoljno upotrebiti 200g/hl ovog jedinjenja. Potrebna količina se izmeša sa nešto destilata i uz intenzivno mešanje se dodaje kompletnoj količini koja se neutrališe. Kalcijum-karbonat se taloži u vidu belog taloga. Destilat se odvoji pretakanjem i obavezno profiltrira. Destilat je moguće i predestilisati.
Miris i ukus na sumporna jedinjenja potiče od vodonik-sulfida, nastalog od sumpora koga može biti u kljuku. On nastaje u toku,  ili posle alkoholnog vrenja. Ovakvim destilatima najpre treba dodati bakar-sulfat (0,5 l na 150 l destilata), a potom ih predestilisati.

U destilatima od koštičavog voća, često se sreće miris i ukus na košticu (gorki badem), koji nastaju kao posledica lomljenja koštica usled prerade voća. Ova mana se može ublažiti ili potpuno ukloniti primenom srebro-nitrata (1g
na 100 l destilata) koji se može naći u većim poljoprivrednim apotekama. Nakon taloženja tamno-mrkog taloga, koji se otklanja filtriranjem, se pristupa predestilaciji.
Prilikom destilacije gustih tečnosti kljuka ili komine, može doći do zagorevanja, naročito ako se zagrevanje vrši direktnim plamenom. Tada je primetan gorko-paleći ukus (miris i ukus na zagorelo) koji je teško ukloniti. Samo u blažim slučajevima zagorevanja, je moguće poboljšanje ukusa tretiranjem eponitom. Ono što se može učiniti u toku same destilacije, jeste da se zagorena rakija izmeša sa desetostrukom količinom prevrele komine (pri čemu treba biti vrlo pažljiv), te nakon stajanja 2-3 dana ponovo pristupiti destilaciji.
Ovako popravljene rakije manje,  ili više zadovoljavaju svojim kvalitetom, ako uspemo da uklonimo većinu tragova mana rakija.